Primärquellen der Studiensammlung: Inventarbuch und Karteikarten
Das Inventarbuch umfaßt mehrere Bände. Hier sind die vergebenen Inventarnummern in aufsteigender Reihenfolge aufgelistet und die damit angesprochenen Objekte mehr oder weniger genau beschrieben: Fundort, Ansprache, Erwerbsursprung, Eingangsdatum gehören zu den wichtigsten Informationen. Sie können ggf. durch Standort, Fehlbestand, Datierung, Literatur ergänzt sein.
Im Inventarbuch ist kein Erfassungsdatum hinterlegt. Da die Vergabe der Inventarnummern nicht kontinuierlich aufsteigend war, kann der Zeitpunkt der Eintragungen nicht in Abhängigkeit von einander festgestellt werden. Nummernkreise wurden für Sammlungen reserviert oder für spätere Bestimmungen freigehalten.
Der Beginn des Inventarbuches kann mit nach 1927 sicher festgestellt werden, da die ersten 24000 Inventarnummern aus der 1912 angekauften Sammlung Much stammen, was durch eine ältere Kartei nahezu lückenlos nachweisbar ist. Dabei wurden Beschreibungen des Mondsee-Inventares aus der erschienen Publikation (Franz und Weninger 1927) verwendet.
Der Gründungsbestand "Lehrapparat Hörnes" von 1899 wurde offenbar erst nach dem 2. Weltkrieg mit Inventarnummern > 27000 inventarisiert. Die Kriegsverluste wurden gar nicht erst registriert.
Die Funde der frühmittelalterlichen Gräberfeldes Bergheim, von Much-Sohn Rudolf 1896 gehoben und dem Institut übergeben, beginnen mit der Inventarnummer 25665.
Bei erworbenen Sammlungen wurde zu deren Inventarnummern (meist mit 1 beginnend) ein Suffix vorangestellt: Böhmkers Nummer 1 wurde zu 26001, Hofmanns Nummer 1 wurde 30001.
Im Zuge der umfassenden Inventarisierungsarbeiten durch H. Friesinger in den 1960er und 1970er Jahren wurde bestehende Nummernlücken gefüllt. Diese Lückenbüßer sind meist durch die charakteristische Handschrift Friesingers erkennbar.
Prinzipelle ist es natürlich für die Registrierung unerheblich, welche Inventarnummer einem Objekt gegeben wurden. Allerdings ist diese unsystematische Nummernvergabe keinesfalls geeignet, die Geschichte der Sammlung, d. h. wann wurden welche Objekte inventarisiert, wann gingen sie verloren, wie lange waren sie in der Sammlung und welchen Schicksalsschlägen waren sie ausgesetzt, zu rekonstruieren. Nur durch Abhängigkeiten und identifizierbare Handschriften wird ein möglicher Arbeitsablauf vorstellbar.
Im Rahmen des Projektes "Digitale Erschließung der Studiensammlung" ab 2005 wurde immer in aufsteigender Reihenfolge der Inventarnummern inventarisiert. Die erste vergebene Inventarnummer des Projektes war 38847. Seither wurden 8000 Objekte neu registriert.
Die Karteikarten stellen eine Ergänzung zum Inventarbuch dar. Ursprünglich war wohl daran gedacht hier Platz für weiterführende Informationen zur Verfügung zu stellen. Dies wurde in den 1970ern für Schwarz-Weiß-Fotos genutzt. Die beachtliche Leistung, die schätzungsweise über 30000 Objekte zu fotografieren und die Fotos auf die Karteikarten zu kleben, ist H. Kühler, Laborant zu zuschreiben. Dadurch wurden die Objekte eindeutig identifizierbar. Sie sind zwar mit der Inventarnummer beschriftet, aber bei beliebten und oft verwendeten Objekte löste sich leicht die Beschriftung und damit verloren sie ihre Forschungs- und Sammlungsgeschichte. Nur durch eine Abbildung kann mit Sicherheit die Identifikation nachgewiesen und eine neue Beschriftung veranlaßt werden.
Im Verlauf des Digitalisierungsprojektes wurden keine Eintragungen im Altbestand des Inventarbuches vorgenommen. Auf den Karteikarten wurde allerdings vermerkt, wo ein falsches Foto aufgeklebt ist. Die neue Subnummernvergabe wurde ebenfalls dort nachvollziehbar festgehalten.
Trotz der neuen Methode das Inventar in einer Datenbank zu registrieren, wurde das Inventarbuch handschriftlich in Sammelposten weitergeführt. So kann auch ohne Computer ein Überblick gewährleistet werden.